Zviedru laiki Vidzemē 

Pārlapojot XV – XVI gadsimta arhīvu materiālus, tajos var atrast arī skopu informāciju par Rīgas lielāko baznīcu ērģeļu uzstādīšanu vai bojāeju, bet ziņas par Sv. Jāņa baznīcas ērģelēm atrodamas tikai kopš XVII gs. 30. gadiem, kad pilsēta ērģeļbūvētājam Johanesam Paulusam (Paulam) ierāda speciālu darbnīcu un uzdod trīs gadu laikā (1630–1633) izgatavot “vienu jaunu darbu” Jāņa baznīcas vajadzībām.

Gandrīz divi gadsimti paiet (1582–1761), kamēr Sv. Jāņa baznīcu pa vienam vien papildina tās greznākie rotājumi – kroņlukturi, no kuriem divi iegūti XVII gadsimtā. Vispirms 1609. gadā kroņlukturi baznīcai dāvina Klāva Hermesa mantinieki. Tas ir otrais no ieejas, ar 24 svecēm divās rindās un uzrakstu uz vairoga. Lai gan nav tiešu dokumentālu pierādījumu, tomēr visticamāk, ka kroņlukturis izgatavots lietuvē Kalēju ielā 11, kur tajā laikā strādā slavenā Rīgas lējēju Meijeru ģimene un meistari no Konstancas un Stokholmas. Trešo kroņlukturi ar baznīcas tiesas 1666. gada septembra atļauju uz sava rēķina Sv. Jāņa baznīcā uzstāda Hansis Brinks. Tas ir pirmais no ieejas, ar 10 svecēm vienā rindā.

Postošu iespaidu uz Sv. Jāņa baznīcu ir atstājuši Rīgas aplenkumi un bombardēšanas, radot novirzes atsevišķos altārtelpas būvelementos. Bīstami sašķiebies ir pīlārs pie mācītāja Dammes kapa vietas, bet smagās mūra velves pat nonāk avārijas stāvoklī, kad 1677. gada 21. maijā nezināmi ļaundari aizdedzina kāda sīkkalēja māju pie Jāņa vārtiem. Pūšot stipram austrumu vējam, uguns pilnīgi iznīcina Jāņa un Pētera baznīcas un aptver arī plašu pilsētas teritoriju. Apjomīgos atjaunošanas darbus no 1677. līdz 1683. gadam vada Strasburgas būvmeistars Ruperts Bindenšū. Tomēr remontu, pateicoties prāviem latviešu amatnieku organizāciju naudas ziedojumiem, pilnībā pabeidz tikai pēc diviem gadu desmitiem. Latviešu namdari bez atlīdzības atjauno arī R. Bindenšū projektēto torņa smaili. Tā veidota baroka formās ar vaļēju galeriju, atgādinot vēlāk uzcelto Sv. Pētera baznīcas torni miniatūrā. 1680. gada 5. maijā slavenais būvmeistars smailē uzstāda torņa bumbu un gaili.

Pēc draudzes telpas un torņa atjaunošanas 1683. gadā tiek nojauktas arī smagās un bīstamās altārtelpas mūra velves, aizstājot tās ar daudz vieglākām dēļu velvēm, bet sienas nostiprina ar dzelzs noenkurojumiem. Turpmāko darbu pie baznīcas sienu un velvju krāsošanas un apgleznošanas veic Līneburgas gleznotājs Kords Meijers (1686–1696). 1686. gadā viņš par 70 valstsdālderiem un vienu kapa vietu apņemas izkrāsot un apgleznot četrus velvju laukumus, izkrāsot altārtelpu un reliņus, kā arī izlabot baznīcā esošās gleznas. Viņa darbi, diemžēl, nav saglabājušies, jo daļēji sabojāti 1889. un 1909. gada remontdarbu laikā, bet vēlāk aizkrāsoti. Vienīgais šodien Rīgā redzamais K. Meijera darbs ir viņa deviņu gleznu cikls “Kristus ciešanu ceļš” ērģeļu balkona pildiņos, kas radies 1691. gadā pēc Līneburgā 1672. gadā iespiestās Bībeles ilustrācijām – vara grebumiem. Būvdarbiem turpinoties, 1694.–1695. gadā tiek atjaunota mācītāja māja, kas, visticamāk, atradusies tās pašreizējā vietā Jāņa ielā 7 un pirmoreiz pieminēta 1699. gada jūlijā Albrehta Brūnsa rēķinā par baznīcas logu un durvju labošanu u.c. remontdarbiem. Šajā laikā baznīcai palicis tikai neliels 106 kg smags zvans, tādēļ Rīgas lējējs Gerhards Meijers 1693. gadā izlej 252 kg smagu pulksteņzvanu, bet nākošajā gadā pulksteņmeistars Ludvigs Martins izgatavo arī torņa pulksteni.

Jāņa Baznīcas ērģeļu prospekts un balkoni XX gs. 70. gados.

1677. gada ugunsgrēkā līdz ar dievnamu pilnībā izdedzis nams Jāņa sētā 5, cieši blakus baznīcas ziemeļaustrumu sienai. Namnieks Mārtiņš Pīls to atjauno, un rāte pēc viņa priekšlikuma 1679. gadā tur ierīko cietumu un patversmi nespējniekiem. Cietuma otrajā stāvā cauri baznīcas sienai tiek ierīkotas divas durvis uz atsevišķām galerijām baznīcas ziemeļaustrumu malā, pa kurām cietumnieki var ierasties uz dievkalpojumu: pa vienām – vīrieši, pa otrām – sievietes. Par to liecina vēl tagad sienā redzamās ielodzes. Cietums darbojas līdz pat 1783. gadam, pēc tam namu izmanto dažādām vajadzībām, arī par Rīgas policijas kazarmām. Šajā laikā senā Bīskapa sēta (1201–1828) tiek pārdēvēta par Policijas kazarmju sētu (1828–1902), līdz XX gs. sākumā iegūst mūsdienīgo nosaukumu – Jāņa sēta.