Tautas atmodas laikmets 

XIX gadsimts ir tikko sācies, kad Napoleons uzsāk karagājienu pret Krieviju (1812–1815), aptverot arī Latviju. Kārtējo reizi nodeg Rīgas priekšpilsētas, bet Sv. Jāņa baznīcu kara laikā savām vajadzībām izmanto krievu armija, piepildot to līdz velvēm ar labību un lopbarību. Dievkalpojumi šajā laikā notiek Sv. Pētera baznīcā. Pēc baznīcas atgūšanas 1815. gada aprīlī tā pamatīgi jāremontē, jo smagā krava ir salauzusi kapa plāksnes un solus, bojāts jumts, un lietus paspējis sabojāt arī velves. Baznīcas atjaunošanu 1816.–1817. gadā veic būvmeistars J. D. Gotfrīds.

Rīgas rāte par mācītāju ieceļ Heinrihu Gotlību Pēšu (1817–1849), kurš kļūst par pirmo latviešu tautības mācītāju Jāņa draudzē. Viņa īsais, spožais un traģiskais dzīves cēliens ir kā komētas uzliesmojums kritienā. Draudzes mīlēts un cienīts, dzīvē saukts vienkārši par Indriķi, H. G. Pēšs mirst 32 gadu vecumā, apbedīts Rīgas Lielajos kapos.

1848. gada 18. novembrī spēcīga vētra no salaiduma vietām izkustina baznīcas torni. Briesmas tiek likvidētas, bet, situācijai atkārtojoties, torni nojauc un pēc Rīgas pilsētas galvenā arhitekta J. D. Felsko (1813–1902) meta uzceļ jaunu. Tas veidots pseidogotikas formās ar piramīdu un rozi galā, tajā vēlāk iebūvē arī pulksteni, bet veco bumbu un gaili novieto virs baznīcas ziemeļrietumu zelmiņa. Šis mūsdienās redzamais tornis tiek iesvētīts 1849. gada 15. oktobrī.

Rīgas Sv. Jāņa Baznīcas fasāde no Jāņa ielas puses pirms piebūvju nojaukšanas 1932. gadā.

Daudz laika tiek veltīts altārtelpas akmens kolonnām, kas XVII – XVIII gs. ugunsgrēku un bombardēšanas satricinājumu rezultātā ir nedaudz novirzījušās no savām pamatvietām. Kolonnas atbīda atpakaļ, noņem biezo apmetuma kārtu un izlabo bojājumus no dziļi iekaltajām gāzes caurulēm. Tās vairs nav vajadzīgas, jo kopš 1910. gada 15. janvāra Sv. Jāņa baznīcā ir elektriskais apgaismojums. Altārtelpas dēļu velves no jauna apmet ar kaļķu javu, bet baznīcā ievelk centrālo apkuri. Restaurējot altāri, no predellas izņem J. Birnbauma 1883. gadā darināto gleznu, kas kļuvusi pārāk tumša, un tās vietā ieliek tekstu no Jāņa Evaņģēlija. Glezna joprojām apskatāma baznīcas sakristejā. Turpat redzama arī gleznotāja J. Rozentāla 1912. gadā dāvinātā altārglezna “Krustā sistais”.

1914. gadā sākas Pirmais pasaules karš, kurš atkal smagi skar Latviju. Jau 1915. gada vasarā uz Krieviju tiek evakuēts viss vērtīgais, baznīcu zvanus ieskaitot. Kopā ar pārējiem uz Krievijas vidieni aizceļo arī četri Sv. Jāņa baznīcas zvani un divi zvani no Jāņa draudzes kapsētām. Baznīcas torņa zvanu pat sazāģē gabalos, jo to “nevarēja veselu no torņa nolaist”.