Reformācijas sākumi Rīgā 

Pirmā zeme, kur Mārtiņa Lutera reformas izplatās ārpus Vācijas, ir Latvija, un jauno ticību Rīgā vispirms sāk sludināt katoļu mācītāji Andrejs Knopke un Silvestrs Tegetmeijers. Par reformācijas oficiālo sākumu Livonijā tiek uzskatīts 1522. gada 23. oktobris, kad Rīgas rāte ar ģilžu atbalstu ieceļ A. Knopki par jaunās ticības sludinātāju Sv. Pētera baznīcā, bet mēnesi vēlāk S. Tegetmeijeru – par mācītāju Sv. Jēkaba baznīcā.

Tas ir revolucionārs solis, jo tiesības iecelt mācītājus šīm baznīcām bija tikai domkapitulam. Saasinoties attiecībām starp vecās un jaunās ticības piekritējiem, mūki 1523. gada 2. aprīlī, t.i., Lielajā Piektdienā, savācas vienkopus un svinīgā procesijā ar karogiem rokās, garīgas dziesmas dziedādami, dodas uz priekšpilsētu. To izmanto Lutera piekritēji – noslēdz vārtus un mūkus klosterī vairs neielaiž.

Tā beidzas gandrīz 300 gadus garais dominikāņu mūku klostera laiks Sv. Jāņa baznīcas vēsturē. Rīgā sākas nemieri, un t.s. “svētbilžu grautiņu” laikā visās Rīgas baznīcās tiek izpostīti altāri, demolēti svēto tēli un veikti citi vandālisma akti. Lai nodibinātu kārtību, Rīgas rāte slēdz Doma baznīcu un klosterus. Bijušā dominikāņu mītne kādu laiku paliek neizmantota, bet baznīca pārtop par noliktavu. Pēc tam rāte to iznomā rātskungam R. Šultem, kurš altārtelpā ierīko zirgu stalli, vēlāk arī govju un cūku kūti.

1548. gadā katoļi iesūdz Rīgas pilsētu Vācijas ķeizara tiesā par baznīcas īpašumu piesavināšanos un necienīgu Sv. Jāņa baznīcas izmantošanu. Iepazinies ar pārbaudes materiāliem, ķeizars Kārlis V pavēl iztīrīt Sv. Jāņa baznīcu un nodot to kādai kristīgai draudzei. Rāte, kas parasti visai augstprātīgi bija izturējusies pret rīkojumiem no malas, šoreiz diplomātisku apsvērumu dēļ nolemj pakļauties ķeizara pavēlei. Tomēr Šulte, atsaukdamies uz sev ļoti izdevīgo ilgtermiņa nomas līgumu, nemaz nedomā izvākt lopiņus no baznīcas, un rātei tikai pēc ilgstošas un sarežģītas tiesāšanās beidzot ap 1554. gadu izdodas panākt līguma uzteikšanu. Ar to tad arī rātes pakļaušanās ķeizaram beidzas. Pēc jumta un torņa atjaunošanas 1555. gada oktobrī baznīcu iztīra, un rāte to turpmāk izmanto par pilsētas arsenālu, jo turpat līdzās vienā no klostera ēkām atrodas lielgabalu lietuve.

Livonijas hronists Baltazars Rusovs šo laiku apraksta kā dzīres mēra laikā, jo par nākotni neviens nedomā. 1561. gada 28. novembrī Viļņā tiek parakstīts padošanās akts, ar kuru beidz pastāvēt Livonijas federācija, un to savā starpā sadala apkārtējās lielvalstis. Rīga 20 gadus paliek brīva un neatkarīga pilsēta, taču šī neatkarība ir visai nosacīta, jo tirdzniecības ceļi paliek poļu rokās. Rīgas cerības uz Polijas labvēlību pilnīgi sabrūk 1575. gadā, kad par Polijas karali kļūst Stefans Batorijs.

Rīgā jaunais Polijas karalis ierodas 1582. gada martā un, saaicinājis pilī visu kārtu pārstāvjus, stingri paziņo savu lēmumu – atļaut visas brīvības Augsburgas konfesijai, bet dot tādas pašas brīvības arī katoļu ticībai. Pēc ilgstošām un grūtām sarunām rāte beidzot nodod katoļiem Sv. Jēkaba baznīcu, kur jau kopš 1523. gada darbojas pirmā Rīgas latviešu draudze. Karalis savukārt atdāvina pilsētai pārējās baznīcas ar īpašumiem un pavēl latviešu draudzei ierādīt profāniem nolūkiem izmantoto Sv. Jāņa baznīcu. Tā kā baznīcā joprojām atrodas ieroču noliktava, tad ar birģermeistara pavēli divpadsmit strādnieki četrās dienās steigšus aizgādā projām “visas Jāņa baznīcā glabājamās lodes un bumbas, kā arī lielo munīciju”. Pēc tam pilsētas būvmeistars I. Frēze ar melngalvju brālības atbalstu baznīcu sakārto un izremontē. Melngalvji baznīcā ierīko savu solu, virs mazajām durvīm dienvidu pusē izbūvē logu un piedalās baznīcas apgaismošanā. I. Frēze savukārt no 1559. gadā slēgtās Nikolaja Brīnumdarītāja baznīcas, ko S. Batorijs savas nesenās vizītes laikā bija dāvinājis pilsētai ar visu inventāru, uz Jāņa baznīcu atgādā kroņlukturi, divus zvanus un citu inventāru. Kroņlukturis ar 24 svecēm trīs rindās joprojām atrodas draudzes telpā vistuvāk kancelei. Pirmais dievkalpojums Rīgas apvienotajai latviešu ev.-lut. draudzei Sv. Jāņa baznīcā notiek 1582. gada 29. septembrī.

Divus gadus vēlāk Rīgā uzliesmo kaislības sakarā ar jaunā kalendāra ieviešanu. 1584. gada Ziemassvētkus katoļi svin pēc jaunā stila, bet luterticīgie latvieši tos vēlas atzīmēt pēc vecā stila. Nikni uz rāti, kas šajā datumā pat neļauj atslēgt Sv. Jāņa baznīcas durvis, viņi stundām ilgi uz ielas, ceļos nometušies, atsegtām galvām lūdz Dievu baznīcas priekšā. Šie notikumi ir sākums Kalendāra nemieriem, kas 1585. gada 2. janvārī pāraug revolūcijā un turpinās piecus gadus (1584–1589).