Krievijas impērijas sastāvā 

XVIII gadsimta sākumā Rīgai negaidīti uzbrūk sakšu karaspēks. Uzbrukums tiek atvairīts, bet Lielais Ziemeļu karš (1700–1721) jau ir sācies. Tajā trīs spēcīgas lielvalstis – Krievija, Polija un Dānija iesaistās karadarbībā pret Zviedriju. 1709. gadā izšķirošajā kaujā pie Poltavas krievi uzvar zviedrus, aplenc Rīgu un uzsāk ilgstošu pilsētas aplenkumu. Rīdzinieki varonīgi aizstāvas, bet milzīgie cilvēku zaudējumi, bads un mēris (1709–1711) 1710. gada jūlijā viņus piespiež padoties. Baznīcas ir pārpildītas ar līķiem, Sv. Jāņa baznīcā vien aprakti 326 mirušie. Visus nav iespējams apglabāt, tādēļ daudzi vienkārši guļ pilsētas ielās. Sv. Jāņa baznīca uz ilgu laiku tiek slēgta. Tā ir ne tikai sabombardēta, bet arī pilna ar vēl neapraktiem līķiem. Smaka ir tik neciešama, ka cilvēki ģībst no izdalītajām gāzēm, tādēļ dievkalpojumi latviešiem kādu laiku notiek Mazās ģildes telpās.

Sv. Jāņa baznīcas atjaunošana ir iesākta tūlīt pēc Rīgas ieņemšanas, un jau 1711. gadā te notiek dievkalpojumi, tomēr lielie postījumi līdzekļu trūkuma dēļ pilnībā tiek likvidēti tikai 1724. gadā. Mēra laikā krasi samazinās dzimstība. Ja 1709. gadā Sv. Jāņa baznīcā tiek nokristīti 262 bērni, tad 1710. gadā – vairs tikai 113. Mēris nežēlo arī pieaugušos, un epidēmijā mirst gandrīz visi Rīgas mācītāji, Jāņa draudzes mācītājus G. Ulrihu un A. Gildenštetu ieskaitot. Draudzi kādu laiku apkalpo Ikšķiles mācītājs.

1717. gada pavasarī Rīgā ierodas Krievijas cars Pēteris I un Katrīna I. Lieldienās abi augstie viesi piedalās svinīgajā amatu gājienā uz dievkalpojumu Sv. Jāņa baznīcā un atpakaļ uz amatu mājām.

XVII gadsimta otrajā pusē aktīvāka kļūst latviešu draudžu mācītāju līdzdalība kultūras dzīves veidošanā Rīgā. No Jāņa draudzes visaktīvākais ir mācītājs Liborijs Depkins, kura literārā darbība noris laikā no 1685. līdz 1708. gadam, tajā iesaistot arī diakonus un jaunākos mācītājus. Depkina darbība ir ļoti daudzpusīga: viņš sacer dziesmas, strādā pie leksikona, saraksta lūgšanu grāmatu, un viņam kopā ar Ernstu Gliku ir lieli nopelni latviešu garīgās literatūras attīstībā XVII gadsimta beigās.

XVIII gadsimts ir pats smagākais un tumšākais laikmets latviešu tautas vēsturē, kad vāciešu naids pret latviešiem ir sevišķi liels. To spilgti apstiprina notikums ar seno Nariņu dzimtu, kas daudz darījusi latviešu labā. 1582. gadā, latviešu draudzei ienākot Sv. Jāņa baznīcā, Nariņi iepretim kancelei uzbūvē speciālas luktas zvejniekiem, ko tā arī dēvē par zvejnieku jeb Nariņu luktām. Pēc Nariņa nāves luktas ar baznīcas vāciskās administrācijas 1758. gada 28. janvāra rīkojumu nākošajā gadā novāc un pārvieto uz mazāk redzamu vietu virs dienvidaustrumu sienas sānu durvīm. Līdzīga ir vāciešu attieksme pret Dānielu Šteinhaueru, kurš pirmais no latviešiem uzdrošinās ierasties rātes sēdē un pieprasīt, lai viņu uzņem namnieku kārtā. Lai gan Dāniels ir kristīts Sv. Jāņa baznīcā, pēc nāves viņam tur vieta neatrodas, un rāte pat neļauj viņu apzvanīt pilsētas, t.i., Sv. Jāņa, baznīcā.

1761. gada pārbūvē Sv. Jāņa baznīca ieguva divus sānu un divus ērģēļu balkonus. XIX gs. beigu foto.

Pēc Nariņa luktu pārvietošanas 1761. gads tiek pilnībā veltīts baznīcas atjaunošanas un remonta darbiem. Jauna grīda un soli, jaunas ērģeles, tāpat divi ērģeļu balkoni un divi sānu balkoni, kas tagad nosedz skatu uz kapelu velvēm pie ziemeļaustrumu sienas, ir tikai daļa no paveiktajiem darbiem. Savu atrašanās vietu maina deviņi K. Meijera “Kristus ciešanu ceļa” gleznojumi, kurus no Nariņu luktām pārvieto uz apakšējā ērģeļu balkona pildiņiem. No jauna baznīca velvju kupolos var iekarināt savus trīs tikko atgūtos kroņlukturus, kas bija pazuduši Rīgas 1710. gada aplenkuma laikā un tagad pēc 40 gadiem tiek nejauši atrasti kādā spīķerī. 1761. gadā kroņlukturi beidzot iegūst arī altārtelpa, ko baznīcai dāvina ģildes eltermanis B. T. Huikelhovens. Šajā laikā par ērģelnieku Jāņa draudzē kalpo J. G. Litāns (Johann Gottlieb Lithan, 1762–1798), kuram pirmajam jāapgūst tikko uzstādītās ērģeles. Rāte liek nojaukt arī veco baznīcas torni, un 1764. gadā to uzceļ no jauna, tikai tagad 500 valstsdālderu vietā samaksājot 2000 Alberta dālderu. Tornis, līdzīgi vecajam, ir astoņšķautņains un ar pulksteni, bet kupolveidīgā noslēguma apakšējo daļu grezno četras vāzes uz pusapaļiem zelmiņiem. 1764. gada 22. maijā torņa galā tiek uzlikts tradicionālais gailis un bumba kopā ar draudzes mācītāja K. Rāvensberga piemiņas rakstu “Urkundi”.

Jau torņa celtniecības laikā draudzes vadība paraksta vienošanos ar galdnieku K. G. Apelbaumu par jauna altāra celtniecību. Tas ir Rīgas amatniecības baroka laikmeta beigu posms, kad mākslinieciskais mets un izpildījums vēl atrodas vienās rokās. Tagadējo krāšņo vēlā baroka formās darināto altāri ar klasicisma iezīmēm – divām uz priekšu izvirzītām korintiešu kolonām – K. G. Apelbaums pēc sava meta uzbūvē divu gadu laikā. Altāra izgatavošanai nepieciešamos līdzekļus saziedo latviešu amatu brālības, bet kokmateriālus baznīcai dāvina mastu šķirotāju vecākais Jānis Šteinhauers. Altāri iesvēta 1769. gada 3. maijā. Tēlnieka darbus veic Dancigas tēlnieks, kokgriezējs un apmetuma meistars J. E. Meiers. Viņa sadarbībā ar Apelbaumu ir radies spilgts mākslas darbs, tipisks Rīgas lielo dievnamu mērogiem. Šī izteiksmē lakoniskā konstrukcija runā ar krustā sistā Pestītāja, Sv. Pētera un Sv. Pāvila alegorisko spēku. Altāra predellā un augšdaļā ievietoto gleznu “Svētais vakarēdiens” un “Kristus augšāmcelšanās” autors ir rīdzinieks A. Štilings. Līdz mūsdienām saglabājusies vienīgi altāra augšdaļā redzamā “Kristus augšāmcelšanās”, bet predellā ievietots teksts no Jāņa evaņģēlija 15. nodaļas. Vienlaicīgi ar altāri izgatavota arī greznā altārdaļu norobežojošā kokgriezuma balustrāde un divi katedras amboni, no kuriem viens joprojām atrodas baznīcas sakristejā. Bez tam virs pultveidīgā jumta abās pusēs lielajam logam, kas atrodas aiz altāra, papildus ierīko divus apaļus logus, dodot vairāk gaismas altārim.