Baznīcas paplašināšana 

Līdzekļu trūkums nav vienīgais iemesls, kādēļ klostera iekārtošana ievelkas daudzu gadu desmitu garumā. Vispirms jau dominikāņu rīcībā neatrodas visa Bīskapa sētas teritorija, īpašumtiesību iegūšana turpinās visu XIII un pat XIV gadsimtu, tātad gandrīz 100 gadus. Bez tam mūkiem pēc 1297. gada cīņām Bīskapa sētā jālikvidē arī baznīcai nodarītie postījumi. Lai palīdzētu dievnama atjaunošanā, kāda bagāta atraitne Mehtilde Rapasulvera savā testamentā 1324. gada 17. februārī Sv. Jāņa baznīcai novēl trīs markas “jaunā kora” izbūvei un četras markas leprozorija celšanai ārpus pilsētas mūriem. Tā kā nav citu dokumentu par baznīcas vai tās daļu jaunbūvi, tad iespējams, ka runa tiešām ir par remontdarbiem kara postījumu likvidēšanai.

Visu Bīskapa sētu dominikāņi iegūst 1330. gada 3. augustā, kad Rīgas pilsēta “mūžīgā valdīšanā” klosterim par sešām markām pārdod laukumu starp klostera kapsētu un Sv. Jura pili, un tagad kopējā teritorija sniedzas līdz pat Jura sētai. Dokumentā minēta kapsēta, kas sākumā atradās klostera pagalmā tagadējās Jāņa sētas teritorijā, bet niecīgo apmēru dēļ jau XIII gs. otrajā pusē tā kļūst par šauru un tiek pārcelta uz neapbūvēto joslu pie pilsētas mūra. 1330. gada pirkšanas akts pabeidz klostera gruntsgabala iegūšanu, un “melnie brāļi” beidzot var uzsākt tā pilnīgu norobežošanu un apbūvi.

Pēc gruntsgabala nopirkšanas dominikāņi sāk Sv. Jāņa baznīcas paplašināšanu, kas ar pārtraukumiem turpinās vairākus gadus, pēc citām ziņām – līdz pat XIV gadsimta beigām.

XV gadsimtā sākas pārmaiņas, kas vēl ilgi iespaido daudzu notikumu attīstību Eiropā, skar Rīgu un līdz ar to arī Sv. Jāņa baznīcu. Pārmaiņu galvenais iemesls – centralizētu valstu veidošanās sākums.

Aktīvā karadarbība Livonijā izbeidzas tikai 1491. gada sākumā, un pēc miera līguma noslēgšanas 30. martā Rīgas rāte izdod rīkojumu par Sv. Jāņa baznīcas atjaunošanu, jo celtne ir stipri cietusi ne tikai 1457. gada ugunsgrēkā, bet arī karadarbības rezultātā. Dažos aprakstos teikts, ka galīgi nopostīto baznīcu uzceļ tikpat kā no jauna, taču mākslas vēsturnieks V. Neimanis uzskata, ka XV un XVI gs. mijā no jauna uzcelta tikai draudzes telpas augšdaļa, paaugstinot ārsienas līdz 19 m augstumam, bet apakšējā daļa ar galveno portālu saglabājusies no XIV gadsimta. Mūru iekšpusē šī robeža sniedzas līdz velvju pēdām, bet ārpuses kalto akmeņu mūrī – līdz 2,7 m augstumam ar logu caurgriezto dzegu virs tā. Mūrim virs dzegas ir jaunāka struktūra, un no ielas tas atkāpjas par vairākiem centimetriem.

Atjaunošanas darbu rezultātā vēlās gotikas stila tradīcijās celtā Sv. Jāņa baznīcas vienjoma draudzes telpa XVI gadsimta sākumā iegūst izskatu, kādu tā saglabājusi līdz mūsdienām – gludu ķieģeļu mūra fasādi ar atbilstoši platām un augstām logailām un XIV gadsimta otrajā pusē darināto ieejas portālu, līdzīgu Rēveles viduslaiku portāliem. Virs tā redzama monumentāla logaila katedrālēm raksturīgajā rozetes formā, kas savulaik bijusi vaļēja un ielaidusi baznīcā daudz gaismas.

Iespējams, ka celtniecību zināmā mērā iespaidojusi kongregāciju maiņa, jo dominikāņi, kas sākumā piederēja Dānijas kongregācijai, 1475. gadā tiek pievienoti Holandes grupējumam. Tomēr vairāki būves elementi norāda uz Dancigas ietekmi, piem., bagātīgi profilētiem pīlāriem sadalītais kāpņveida zelminis baznīcas ziemeļrietumu galā un Baltijā greznākās tīklu velves, kas varētu būt Marijas baznīcas velvju atdarinājums. Īpaši grezns ir pret Zobenbrāļu ordeņa pili un vēlāko Sv. Gara konventu pavērstais zelminis – skaistākais Latvijas baznīcu arhitektūrā. Tā izteiksmīgumu veido no profilētiem ķieģeļiem mūrētu vertikālu pilastru un gaišu nišu ritmu maiņa, ko papildina nelieli dekoratīvi tornīši, horizontālas apmetuma joslas un apaļas formas atvere katra pakāpiena augšdaļā. Izteiksmīguma ziņā Sv. Jāņa baznīcas zelminis pat pārspēj Dancigas baznīcu zelmiņus un zināmā mērā jau pielīdzinās Štrālzundes rātsnama fasādes ažūrajai formai. Identiskie profilķieģeļi zelminī, gala fasādē un klostera vārtos liek domāt, ka XV gadsimta beigās pārbūvēti arī klostera vārti.

Nereti cilvēku interesi piesaista divas akmenī cirstas mūku galvas ar plaši atplestām mutēm dienvidrietumu fasādes augšdaļā. Ir dzirdēti un preses izdevumos lasīti visdažādākie nostāsti par to, kā mūki, nostājušies mūru iekšpusē aiz maskas, caur atvērto muti esot uzrunājuši tautu, vingrinājušies daiļrunāšanā, aicinājuši ļaudis uz dievkalpojumu u.tml. Īstenībā atvērtajām mutēm bijis gaužām praktisks uzdevums – pēc lietus novadīt mitrumu no velvju “cepurēm”. Mūsdienās šiem ciļņiem ir tikai dekoratīva nozīme.

Tāpat joprojām dzīva ir leģenda par diviem mūkiem, kas iemūrēti Sv. Jāņa baznīcas sienā. Senos laikos cilvēki esot ticējuši, ka, iemūrējot mājas sienā dzīvu cilvēku, tās mūžs pagarinās, jo to vairs neskar ne ugunsgrēki, ne citas nelaimes. Šis ticējums bijis dzīvs arī XV gadsimta beigās, kad atjaunota Sv. Jāņa baznīca un divi mūki esot ļāvuši sevi iemūrēt sienā Skārņu ielas pusē. Atstātas vienīgi mazas spraugas, pa kurām garāmgājēji viņiem varējuši pasniegt dzeramo un kādu maizes gabaliņu. Kad mūki uz klauvējieniem vairs neatsaucās, spraugas aizmūrētas, atstājot mazu lodziņu. Mūkus drīz vien aizmirsa un atcerējās tikai XVI gadsimtā, remontējot baznīcu. Tad esot atrastas nišas ar mūku skeletiem, siena atkal aizmūrēta un trīs metru augstumā izveidots vēl tagad redzamais krustveida lodziņš. Tāda ir leģenda par diviem mūkiem, ko daļa cilvēku joprojām uztver kā patiesu notikumu. Realitāte toties ir mūsdienās lietotā draudzes telpa, kas atjaunota un paplašināta XV un XVI gs. mijā – lielākajā pārbūvē Sv. Jāņa baznīcas vēsturē. Atsacīdamies no tradicionālās pieticības un ņemot talkā laicīgo greznību, dominikāņu mūki uzceļ patiešām brīnišķīgu arhitektūras šedevru, kuru paši var izmantot tikai kādus divdesmit gadus. Sākas reformācija, klosteri likvidē, un Rīgas rāte to pārņem savā īpašumā.